男子７人の聖秀学院に編入した吾郎は、反発する男子６人の入部を賭けて練習試合をすることに。 だが、新顧問・山田一郎が用意した対戦相手は、神奈川ベスト４の強豪・横浜帝仁高校！！

ついに名門・海堂高校を飛び出した吾郎。 寿也たち海堂最強軍団を倒すため、次なる転入先を探す。 波乱万丈の聖秀学院編スタート！吾郎の新たな闘いはここから！！

体は小さくたって頭脳はパワフル！！ 次から次へと起きる謎の事件を名推理で解決するぜ！！ でも黒ずくめの男達の正体を暴いて、早く元の姿に戻りたいんだ！ 蘭のためにもね！！ 俺の名前は、小さな名探偵・江戸川コナンだ！！

うなりをあげる吾郎の豪腕と、海堂一軍との壮行試合の行方は？ そして、吾郎と寿也の絆はこのまま断ち切られてしまうのか？ 海堂編・最大の激闘の幕が今上がった！！

冷酷なるマネーゲーマー・江頭の策略が吾郎を襲う！！ 海堂最強の敵を相手に、吾郎の運命は？ そして一方、吾郎に理解を示す泰造の「吾郎改造計画」とは一体！？

特待生組ＶＳ夢島組の歓迎試合。 延長１０回裏、マウンドに立ちはだかるは怪物・眉村。対するは、五郎の思いを誰よりも知る男。 白熱の歓迎試合、勝つのは果たして！？

特待生組ＶＳ夢島組の歓迎試合。 五郎の剛球とマニュアル野球の勝負の行方は！？ そして、マニュアルをも超越する男、宿敵・眉村がマウンドへ向かう！！

特待生組ＶＳ夢島組の歓迎試合。 圧倒的な力を見せる特待生相手に、ついに吾郎が登板！！ 吾郎の豪球は通じるのか！？ そして、特待生ベンチには眉村の姿が・・・。

高校生なのに小学生に縮んでしまった！！ そんな変な状況でも探偵の血が騒ぐ俺は難事件に次々と挑戦だ！！ でも自分の正体がばれちゃいけないから、結構気をつかうぜ！！ 俺の名前は、小さな名探偵・江戸川コナンだ！！

夢島脱出！！ ついに２軍に昇格した吾郎たちの目の前に現れたのは「特待生組」。 海堂エリート軍団対夢島組のプライドを賭けた戦い・・・なのに吾郎はベンチ！？

通称・夢島と呼ばれる海堂高校野球部３軍養成所。 完全分業制の海堂では不可能な４番でエースを目指すため、吾郎はあえて外野手として猛練習を開始した！！

通称・夢島と呼ばれる海堂高校野球部３軍養成所。 完全に隔離された離れ島で猛特訓を課せられる吾郎だが、その優れた才能ゆえ教官にしごかれてしまう！！

中学生活もあと残りわずか。 海堂高校を受験した吾郎、寿也、清水。 そして、小森たち三船東中メンバーの進路はいったいどうなるのか？ それぞれの道を歩き始める中学編クライマックス！！

名門・海堂高校野球部のセレクションで、吾郎と寿也は最終テストの５人制野球トーナメントに進む。 だが、吾郎は登板できず、シニア出身の先発・寺門が弱点をつかれ、２点先制されてしまう！！

名門・海堂高校のスカウトの誘いをけった吾郎は、県大会で海堂付属中の眉村に完敗してしまう。 ショックを受けた吾郎だが、寿也、小森と共にあえてセレクションで海堂を受けることに!!

因縁の吾郎と寿也が対決する、中学地区予選準決勝。 最終回に、三船東は２死からパスボールでついに同点に追いついた！ 打席には小森。 寿也を打ち砕くことはできるのか！？

因縁の吾郎と寿也が対決する、中学地区予選準決勝。 ０対０でむかえた４回表、意表をついたセーフティバントで出塁した寿也は、動揺する吾郎のミスを誘い、貴重な１点を先取した！

地区予選２回戦。強豪・青武館打線を、完成した豪速球でおさえる吾郎。 しかし、４回２死に横浜シニアにも所属する強力クリーンナップが立ちはだかった！

ライバル・寿也打倒のため、新投法に挑む吾郎。 そして、むかえた地区予選１回戦。 しかし、マウンドに吾郎の姿はなかった！ いったいどうしたのか・・・！？

左投げに転向し、小森率いる三船東中野球部に入部した吾郎の活躍で、廃部寸前だった野球部は危機を乗り越えた。 そして、むかえた強豪・西中との練習試合で波乱が・・・！？

肩を故障し、サウスポー転向で復活にかける吾郎。 一方、小森率いる三船東中野球部は強豪・西中と試合をするが、全員１年生だった。 そのナメたやり方に怒った吾郎がついに・・・！！

横浜に戻ってきた吾郎は、肩を壊して野球をやめていた。 一方、野球部キャプテンの小森は、不良の元部員の脅しにあう毎日・・・。 波乱の中学編突入！！

激闘の横浜リトル戦決着!! その直後に起こった吾郎の異変。 仲間、家族、そして野球への情熱…。 四年の時が流れ急転する運命の中で今、吾郎の青春が駆けはじめる!!

白熱、横浜リトル戦！！ 吾郎の力投にこたえ、負傷の小森が、清水が、沢村が・・・三船ナイン総力の反撃！！ 試合は大詰め、奇跡は起きるのか！？

ついに日本一の横浜リトルと戦う日がやって来た!! 清水とバッテリーを組み、おとさんとの思い出がつまった横浜スタジアムで今、吾郎が燃える!!

リトルリーグ神奈川県秋季大会第1回戦!! 吾郎の三船ドルフィンズは選手9人しかいない弱小チーム。 相手のチームは強敵!! 勝つ手はあるのか!?

夏合宿から帰って来て、ひと回りたくましくなった三船ナイン。 吾郎もリトルリーグ秋季大会へ向けて気合いを入れるが、清水がチームをやめると言い始めた…!?

夏合宿に行った吾郎たち三船リトルは、日本一の横浜リトルと対戦！ ところが吾郎は速球が投げられなくなってしまう!! 吾郎の投手生命は終わってしまうのか…!?

吾郎の所属する三船リトルは9人しかいない弱小チーム！ 強くなるために夏合宿に行くが、そこで出会ったのは全国レベルの強豪チームだった!?

日本一の横浜リトルはおとさんのいたチームだった！ 吾郎は同じ場所で野球をやりたいと考えるが・・・野球を愛する少年の姿を描いた感動ストーリー第６弾！！