杞紗(きさ)の“お泊り会”など、なごやかな日々を送る透たち。 そんな彼女の前に新しく現れた十二支の一人は、口の達者な毒舌小学生・燈路(ひろ)だった。 何かと透に突っかかってくる燈路だが、その心の奥には杞紗への想いが…！？

男子７人の聖秀学院に編入した吾郎は、反発する男子６人の入部を賭けて練習試合をすることに。 だが、新顧問・山田一郎が用意した対戦相手は、神奈川ベスト４の強豪・横浜帝仁高校！！

雨続きで不安定な夾が心配でならない透。 そんなある日、草摩家に夾の師匠・藉真(かずま)が現れる。 彼は夾にトラウマ克服のための過酷な試練を与える決意をしていた。 夾の過去がいま明らかに…！！

持久走中の透・夾・由希の前に、突然現れた草摩家の血縁者・ハツ春(はつはる)。 彼の目的は夾に勝負を挑む事だったが、いつの間にか透を賭けた(?)闘いに…！？

ついに名門・海堂高校を飛び出した吾郎。 寿也たち海堂最強軍団を倒すため、次なる転入先を探す。 波乱万丈の聖秀学院編スタート！吾郎の新たな闘いはここから！！

体は小さくたって頭脳はパワフル！！ 次から次へと起きる謎の事件を名推理で解決するぜ！！ でも黒ずくめの男達の正体を暴いて、早く元の姿に戻りたいんだ！ 蘭のためにもね！！ 俺の名前は、小さな名探偵・江戸川コナンだ！！

うなりをあげる吾郎の豪腕と、海堂一軍との壮行試合の行方は？ そして、吾郎と寿也の絆はこのまま断ち切られてしまうのか？ 海堂編・最大の激闘の幕が今上がった！！

テントで暮らす女子高生・透(とおる)。家事の腕を買われ草摩由希(そうまゆき)の家で暮らすことに。だが、草摩家には異性にふれると動物に変身してしまうという秘密が―。 異性に抱きつかれると十二支に変身する由希・夾(きょう)・紫呉(しぐれ)と暮らす透。高…

冷酷なるマネーゲーマー・江頭の策略が吾郎を襲う！！ 海堂最強の敵を相手に、吾郎の運命は？ そして一方、吾郎に理解を示す泰造の「吾郎改造計画」とは一体！？

特待生組ＶＳ夢島組の歓迎試合。 延長１０回裏、マウンドに立ちはだかるは怪物・眉村。対するは、五郎の思いを誰よりも知る男。 白熱の歓迎試合、勝つのは果たして！？

特待生組ＶＳ夢島組の歓迎試合。 五郎の剛球とマニュアル野球の勝負の行方は！？ そして、マニュアルをも超越する男、宿敵・眉村がマウンドへ向かう！！

特待生組ＶＳ夢島組の歓迎試合。 圧倒的な力を見せる特待生相手に、ついに吾郎が登板！！ 吾郎の豪球は通じるのか！？ そして、特待生ベンチには眉村の姿が・・・。

高校生なのに小学生に縮んでしまった！！ そんな変な状況でも探偵の血が騒ぐ俺は難事件に次々と挑戦だ！！ でも自分の正体がばれちゃいけないから、結構気をつかうぜ！！ 俺の名前は、小さな名探偵・江戸川コナンだ！！

夢島脱出！！ ついに２軍に昇格した吾郎たちの目の前に現れたのは「特待生組」。 海堂エリート軍団対夢島組のプライドを賭けた戦い・・・なのに吾郎はベンチ！？

通称・夢島と呼ばれる海堂高校野球部３軍養成所。 完全分業制の海堂では不可能な４番でエースを目指すため、吾郎はあえて外野手として猛練習を開始した！！

通称・夢島と呼ばれる海堂高校野球部３軍養成所。 完全に隔離された離れ島で猛特訓を課せられる吾郎だが、その優れた才能ゆえ教官にしごかれてしまう！！

中学生活もあと残りわずか。 海堂高校を受験した吾郎、寿也、清水。 そして、小森たち三船東中メンバーの進路はいったいどうなるのか？ それぞれの道を歩き始める中学編クライマックス！！

名門・海堂高校野球部のセレクションで、吾郎と寿也は最終テストの５人制野球トーナメントに進む。 だが、吾郎は登板できず、シニア出身の先発・寺門が弱点をつかれ、２点先制されてしまう！！

名門・海堂高校のスカウトの誘いをけった吾郎は、県大会で海堂付属中の眉村に完敗してしまう。 ショックを受けた吾郎だが、寿也、小森と共にあえてセレクションで海堂を受けることに!!

因縁の吾郎と寿也が対決する、中学地区予選準決勝。 最終回に、三船東は２死からパスボールでついに同点に追いついた！ 打席には小森。 寿也を打ち砕くことはできるのか！？

因縁の吾郎と寿也が対決する、中学地区予選準決勝。 ０対０でむかえた４回表、意表をついたセーフティバントで出塁した寿也は、動揺する吾郎のミスを誘い、貴重な１点を先取した！

地区予選２回戦。強豪・青武館打線を、完成した豪速球でおさえる吾郎。 しかし、４回２死に横浜シニアにも所属する強力クリーンナップが立ちはだかった！

ライバル・寿也打倒のため、新投法に挑む吾郎。 そして、むかえた地区予選１回戦。 しかし、マウンドに吾郎の姿はなかった！ いったいどうしたのか・・・！？

左投げに転向し、小森率いる三船東中野球部に入部した吾郎の活躍で、廃部寸前だった野球部は危機を乗り越えた。 そして、むかえた強豪・西中との練習試合で波乱が・・・！？

肩を故障し、サウスポー転向で復活にかける吾郎。 一方、小森率いる三船東中野球部は強豪・西中と試合をするが、全員１年生だった。 そのナメたやり方に怒った吾郎がついに・・・！！

横浜に戻ってきた吾郎は、肩を壊して野球をやめていた。 一方、野球部キャプテンの小森は、不良の元部員の脅しにあう毎日・・・。 波乱の中学編突入！！

激闘の横浜リトル戦決着!! その直後に起こった吾郎の異変。 仲間、家族、そして野球への情熱…。 四年の時が流れ急転する運命の中で今、吾郎の青春が駆けはじめる!!

白熱、横浜リトル戦！！ 吾郎の力投にこたえ、負傷の小森が、清水が、沢村が・・・三船ナイン総力の反撃！！ 試合は大詰め、奇跡は起きるのか！？

ついに日本一の横浜リトルと戦う日がやって来た!! 清水とバッテリーを組み、おとさんとの思い出がつまった横浜スタジアムで今、吾郎が燃える!!

リトルリーグ神奈川県秋季大会第1回戦!! 吾郎の三船ドルフィンズは選手9人しかいない弱小チーム。 相手のチームは強敵!! 勝つ手はあるのか!?